Expanding the knowledge of plankton diversity of tropical lakes from the Northeast Colombian Andes

Introduction: A large number of planktonic communities found in tropical lakes have not yet been recorded, limiting understanding of how these ecosystems function and of the role that organisms play within them. Objective: Add new records of previously described species and to contribute to the knowledge of the planktonic communities present in tropical mountain and lowland lakes of the northeast Colombian Andes. Methods: Planktonic samples were collected and physicochemical variables measured in nine tropical lakes. Organisms were identified and a bibliographic search was carried out in databases and research articles to the identification of the new records to Colombia. Results: We present the data corresponding to six physicochemical variables measured in tropical lakes of this region and expand the existing information on organisms present in tropical lakes with a list of 391 taxa (299 phytoplankton and 92 zooplankton). The proportion of planktonic species unique to tropical lakes and the low similarity between lake types found with a Jaccard analysis indicated high heterogeneity of ecological conditions in the studied lakes. Conclusions: The 391 taxa found and 15 new records contribute to the list of planktonic organisms present in tropical lakes located in high and low areas of the Colombian northeast Andes.

Introducción: En los lagos tropicales, un gran número de comunidades planctónicas no han sido registradas aún, limitando el entendimiento de como estos ecosistemas funcionan, y el papel que estos organismos cumplen dentro de él. Objetivo: Contribuir al conocimiento de las comunidades planctónicas presentes en lagos tropicales ubicados en zonas altas y bajas de los Andes nororientales colombianos y reportar nuevos registros de especies previamente descritas. Métodos: Se recolectaron muestras planctónicas, se tomaron variables fisicoquímicas en nueve lagos tropicales, se identificaron los organismos y se realizó una revisión en portales de datos y artículos científicos con el fin de conocer cuales eran nuevos registros para Colombia. Resultados: Se presentan los datos correspondientes a seis variables fisicoquímicas para lagos tropicales de esta región y se amplía información que existe sobre organismos presentes en lagos tropicales mediante la elaboración una lista con 391 taxones (299 fitoplancton y 92 zooplancton). La proporción de taxones únicos identificados y la baja similitud encontrada en el análisis de Jaccard indican alta heterogeneidad de condiciones ecológicas en los nueve lagos tropicales estudiados. Conclusiones: La identificación de los 391 taxones y los 15 nuevos registros, contribuyen al listado de organismos planctónicos presentes en lagos tropicales, ubicados en zonas altas y bajas del noreste de los Andes colombianos.

Tigeciclina en infecciones intraabdominales complicadas / Tigecycline in complicated intra-abdominal infections

Objetivo: evaluar la mejor evidencia actual disponible para generar recomendaciones, con respecto a la efectividad y seguridad del uso de tigeciclina en adultos con infección intraabdominal complicada. Materiales y métodos: se realizó una revisión sistemática de la literatura, seleccionando los metaanálisis y experimentos clínicos controlados, los cuales se valora- ron utilizando la herramienta SIGN, con el fin de generar tablas de evidencia según GRADE de los estudios de tigeciclina en la indicación infección intraabdominal complicada, para posteriormente utilizar un proceso Delphi modificado para calificar las diferentes recomendaciones con el fin de generar un consenso. Resultados: se analizaron los resultados basados en la revisión sistemática de la literatura en la que se incluyeron 5 metaanálisis que cumplieron los criterios de selección comparando tigeciclina con otros tratamientos antibióticos en infección intraabdominal complicada; de los cuales, 2711 pacientes recibieron al menos una dosis del antibiótico (1382 tigeciclina y 1389 el comparador) y en los que no se observaron diferencias estadísticamente significativas en los desenlaces evaluados al comparar tigeciclina con otros antibióticos. Conclusión: en pacientes adultos con infección intraabdominal complicada, se considera que el uso de tigeciclina en monoterapia es equivalente en eficacia y seguridad a otras opciones terapéuticas antimicrobianas y no representa un exceso de mortalidad en comparación a otros antibióticos

Objective: To assess current best evidence available to generate recommendations regarding the effectiveness and safety of tigecycline use in adults with complicated intra-abdominal infection (cIAIs). Materials and methods: We conducted a systematic review of published meta-analysis that evaluated tigecycline compared to other antimicrobials and included the indication of cIAI. Quality of the evidence was evaluated by using the SIGN tool (Scottish Intercollegiate Guidelines Network) according to GRADE, and final recommendations were assessed by a modified Delphi Method in order to develop a consensus. Results: Five meta-analyzes met the selection criteria comparing tigecycline with other antibiotic treatments in complicated intra-abdominal infection. Five randomized clinical trials comprised in these meta-analysis included 2711 patients that received at least one dose of antibiotic (1382 tigecycline and 1389 the comparator regimen), We found no statistically significant differences in the evaluated outcomes by comparing tigecycline with other antibiotics, including clinical and microbiologic efficacy, safety and drug related mortality Conclusion: In adult patients with cIAIs, the use of tigecycline as monotherapy is equivalent in effectiveness to other antimicrobial therapeutic options and does not represent an increase in mortality compared to other antibiotics.

Factores asociados a nefrotoxicidad por polimixina B en un hospital universitario de Neiva, Colombia. 2011-2015 / Risk factors for acute kidney injury in patients treated with polymyxin B experience from 139 cases at a tertiary university hospital in Colombia

Background: The rise of infections caused by multidrug-resistant Gram negative bacilli (MDR-GNB), added to paucity of newer therapy, have led to increase polymyxin B use, despite adverse renal toxicity profile. Aim: To determine the incidence and risk factors associated to acute kidney injury (AKI) and polymyxin B use, in patients with infections caused by MDR-GNB. Methods: A retrospective cohort, with a nested case-control study of adults who received polymyxin B for more than 48 hours at a tertiary university hospital in Colombia (2011-2015) was performed. AKI was defined by AKIN criteria. Results: Of 139 patients included in our study, 102 were male with median age of 49 years (IQR:28-64). Sixty-one patients (44%) developed AKI. Independent risk factors for development of AKI included: total polymyxin B daily dose (OR = 2.19, 95% CI, 1.04-4.64); length of stay at ICU (OR = 1.03, 95% CI, 1.00-1.06); nosocomial infection (OR = 6.43, 95% CI, 2.12, -19.47); and vasopressor use (OR = 5.38, 95% CI, 2.40-12.07). Mortality was higher among AKI-patients (58.6%) compared with non-AKI patients (25.6%) (p = 0.001). Conclusion: In this study, the rate of AKI associated to polymyxin B use was greater than reported in studies from last decade, and associated with increased mortality. AKI associated to polymyxin B use is likely multifactorial and aggravated by the critically ill state of patients suffering nosocomial infections caused by mdr-gnb.

Introducción: El surgimiento de infecciones graves causadas por bacilos gramnegativos multi-resistentes (BGN-MR), sumado a la carencia de nuevas opciones terapéuticas efectivas, ha llevado a retomar el uso de polimixina B, a pesar de su perfil de nefrotoxicidad. Objetivo: Determinar la incidencia y factores relacionados con el desarrollo de nefrotoxicidad asociada al uso de polimixina B, en pacientes adultos con infecciones causadas por BGN-MR. Materiales y Métodos: Estudio observacional, analítico, tipo cohorte histórica, con un análisis de casos y controles anidado, realizado en un hospital universitario de tercer nivel de Colombia entre 2011 y 2015, en pacientes que recibieron polimixina B intravenosa por más de 48 h. Resultados: De 139 pacientes incluidos en el estudio, 61 (44%) desarrollaron falla renal aguda por criterios AKIN. Los factores de riesgo independientes para nefrotoxicidad fueron: dosis diaria de polimixina B (OR 2,19; IC 95% 1,04-4,64), días de estancia en UCI (OR 1,03; IC 95% 1,00-1,06), presencia de infección nosocomial (OR 6,43; IC 95% 2,12-19,47) y requerimiento de fármacos vasopresores (OR 5,38; IC 95%: 2,40-12,07). Conclusión: La tasa de nefrotoxicidad observada en pacientes que recibieron polimixina B es considerable; su origen probablemente multifactorial y agravada por estado crítico de pacientes con infecciones nosocomiales por BGN-MR.

Infecciones pulmonares en pacientes con VIH 20 años después de la terapia antirretroviral combinada. ¿Qué ha cambiado? / Pulmonary infections in patients with HIV, 20 years after combined antiretroviraltherapy. What has changed?

Introducción: Antes del año 1996, la infección por el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) era considerada una condición fatal; sin embargo, con la introducción de la terapia antirretroviral combinada, se transformó en una enfermedad crónica con gran incremento en su expectativa de vida. A pesar de esta terapia, existen una serie de complicaciones a las que los individuos con VIH están expuestos. El pulmón es el órgano más comúnmente afectado. Las infecciones oportunistas como la neumonía por Pneumocystis jirovecii , el compromiso pulmonar asociado a histoplasmosis, tuberculosis y micobacterias no tuberculosas, entre otras, aún son condiciones que amenazan a esta población. Objetivo: Esta revisión pretende abordar los cambios en el diagnóstico, pronóstico y epidemiología de los pacientes con VIH e infecciones pulmonares, luego de la introducción de la terapia antirretroviral combinada. Metodología: Se revisaron las bases de datos electrónicas MEDLINE (pubmed), EMBASE, SciELOy LILACS. Se incluyeron revisiones sistemáticas, ensayos clínicos aleatorizados, estudios controlados, series de tiempo, « antes y después ¼ , estudios observacionales desde el año 1995 hastadiciembre de 2014, así como datos epidemiológicos de la OMS. Conclusiones: Después de casi 20 años de su introducción, la terapia antirretroviral combinadaha modificado la historia natural de la infección por VIH, con disminución en la frecuencia depresentación y mortalidad relacionada con la mayoría de los patógenos que comprometen eltracto respiratorio.

Background: Prior to 1996, HIV was considered practically fatal. However, after highly active antiretroviral therapy was introduced, HIV became a chronic disease with a great increase in life expectancy. Despite this therapy, there are many complications to which an HIV infected person is exposed, with the lung the most commonly affected organ. Opportunistic infections such as pneumocystis pneumonia, histoplasmosis, tuberculosis, nontuberculous mycobacteria, among others, are still important threats to the HIV population. Objective: This review aims to address changes in the diagnosis, prognosis and epidemiology of HIV-infected patients with lung infections since the introduction of highly active antiretroviral therapy was introduced. Methodology: The electronic databases MEDLINE (PubMed), EMBASE, LILACS and SciELO were reviewed. Systematic reviews, randomised, controlled studies, case series, « before and after ¼ ,observational studies from 1995 until December 2014 were included in addition to epidemiological data from the WHO. Conclusions: After nearly 20 years since its introduction, combined antiretroviral therapy has changed the natural history of HIV infection, with a decrease in the frequency of occurrence and mortality related to most pathogens involving the respiratory tract.

Características clínicas y microbiológicas de la infección intra-abdominal complicada en Colombia: un estudio multicéntrico / Clinical and microbiological characteristics of complicated intra-abdominal infection in Colombia: a multicenter study

Introducción: La infección intra-abdominal complicada adquirida en la comunidad (IIAc-AC) es una causa frecuente de abdomen agudo. Objetivo: Identificar el perfil clínico y microbiológico de la IIAc-AC en cuatro hospitales de Colombia. Métodos: Estudio descriptivo, prospectivo entre 07-2012 y 09-2014 en pacientes de 15 o más años con IIAc-AC. Se midieron las frecuencias de variables socio-demográficas, clínicas, diagnóstico, aislamientos y susceptibilidad antimicrobiana del primer cultivo obtenido asépticamente del sitio de infección. Resultados: 192 pacientes incluidos, 62% hombres, edad media 47,3 años; 38,4% con co-morbilidad, 13% hospitalizados en el último año y 9,4% recibieron antimicrobianos en los últimos seis meses. Fueron admitidos 44,3%, por apendicitis 17,7% por peritonitis y 16,7% por perforación intestinal. El 64,1% de las IIAc-AC fue moderada y tratada con ampicilina/sulbactam (SAM) y ertapenem. En 70,8% se aisló al menos un microorganismo en: 65,1% bacilos gramnegativos (80,0% Escherichia coli, 44,8% susceptible a piperacilina/tazobactam, 65,7% a SAM y 11,2% Klebsiella pneumoniae, 85% susceptibles a SAM) y en 16,7% especies grampositivas (28,1% Streptococcus grupo viridans). La mediana de hospitalización fue siete días y 15,1% fallecieron. Conclusión: Escherichia coli y K. pneumoniae en IIAc-AC son los principales microorganismos a cubrir en la terapia empírica y es necesario conocer la susceptibilidad antimicrobiana en cada región para seleccionar un tratamiento empírico adecuado.

Introduction: Complicated community-acquired intra-abdominal infections (CA-cIAI) are a common cause of acute abdomen. Objective: To identify the clinical and microbiology profile of CA-cIAI in four Colombian hospitals. Methods: This is a prospective, descriptive study, between 08-2012 and 09-2014, including patients with CA-cIAI > 15 years. Data collected included: socio-demographic, clinical, diagnosis, and isolates of the first culture obtained aseptically during surgery with antimicrobial susceptibility. Results: 192 patients were included, 62% men, median age 47.3 years. Co-morbidities were present in 38.4%, 13% had been hospitalized in the previous year 13%, and 9.4% had received antibiotics in the last 6 months; 44.3% were admitted for appendicitis, 17.7% for peritonitis and 16.7% for bowel perforation. CA-cIAI were assessed as moderate in 64.1% of the cases and were treated with ampicillin/sulbactam (SAM) and ertapenem. In 70.8% of cases a bacteria was isolated: 65.1% were gramnegative rods (80.0% Escherichia coli, 44.8% of them susceptible to pipercillin/tazobactam, 65.7% to SAM; 11.2 % were K.pneumoniae, 85% was susceptible for SAM; 16.7% were grampositive cocci (28.1% Streptococci viridans group). The median hospital stay was 7 days and 15.1% died. Conclusions: E. coli, K. pneumoniae and S. viridans were the main organisms to consider in an empiric therapy for CA-cIAI and it is important to know the local epidemiology in order to choose the right antibiotic.

Piomiositis tuberculosa en un paciente inmunosuprimido / Tuberculous pyomyositis in an immunosuppressed patient

La piomiositis tuberculosa es una manifestación poco frecuente de la tuberculosis extrapulmonar que se presenta más comúnmente en pacientes inmunosuprimidos, con manifestaciones clínicas similares a las de la piomiositis de otras etiologías, pero a una edad más temprana. Los factores de riesgo más usuales son la infección tuberculosa previa y la inmunosupresión farmacológica. El diagnóstico depende de la sospecha clínica en una población expuesta, ya que en muchas ocasiones el aislamiento microbiológico no es posible. La respuesta al tratamiento y el pronóstico son buenos. El caso que se presenta es llamativo dada la rareza de esta manifestación de la tuberculosis y la lenta mejoría con el tratamiento antituberculoso de primera línea en este paciente con infección por HIV y recaída, a pesar de que el aislamiento microbiológico resultó sensible.

Tuberculous pyomyositis is a rare manifestation of extrapulmonary tuberculosis, most common in immunosuppressed patients, with clinical manifestations similar to pyomyositis of other etiologies, although with a lower age of presentation; notable risk factors include prior tuberculosis infection and pharmacological immunosuppression. Diagnosis depends on a high clinical suspicion of the infection in a susceptible population, given that microbiological isolation is often impossible. The response to treatment and prognosis are good. The case presented here is noteworthy given the rarity of this manifestation of tuberculosis and the slow response to first-line TB management in an HIV patient, despite susceptible microbiological isolation.

Infecciones oportunistas en pacientes con VIH en el hospital universitario de Neiva, Colombia 2007-2012 / Opportunistic infections in patients with HIV in Neiva´s University Hospital, Colombia 2007-2012

Introducción: Desde el inicio de la pandemia del VIH, las infecciones oportunistas (IO) han marcado su pronóstico. El acceso a la terapia antirretroviral de gran actividad (TARGA) supone cambios significativos en la historia natural de la enfermedad. Objetivo: Describir las características de la IO en los pacientes con VIH internados en el Hospital Universitario de Neiva (HUHMP). Materiales y métodos: Estudio observacional, descriptivo, retrospectivo. Se incluyeron pacientes adultos hospitalizados con diagnóstico de VIH/SIDA e IO durante 2007 a 2012; se excluyeron gestantes. Un total de 286 pacientes cumplieron los criterios de selección. Los datos se procesaron en Epi info7. Resultados: El promedio de edad fue de 38,6 años; el 72,7% fueron hombres; el 76,5% tenían diagnóstico de VIH previo al ingreso y el 45,6% no recibían TARGA. Al ingreso, el 39% de los pacientes presentaban leucopenia, el 15%, falla renal, el 70%, conteos de linfocitos TCD4+ < 200 cel/mm ³ , y el 64%, viremia > 100.000 copias/mm ³ . Los diagnósticos de egreso más frecuentes fueron toxoplasmosis cerebral (52%), candidiasis mucocutánea (35%) y tuberculosis (31%). La mortalidad hospitalaria fue del 13%. Conclusión: A pesar de los avances en el manejo del VIH/SIDA, en la región surcolombiana la mayoría de pacientes se hospitalizan en estadios avanzados por IO y no reciben TARGA. La IO más frecuente fue toxoplasmosis cerebral.

Introduction: Since the beginning of the HIV pandemic, opportunistic infections (OI) have determined the prognosis. Access to antiretroviral therapy (HAART) led to significant changes in the natural history of the disease. Objective: To describe the clinical characteristics of patients with HIV and OIs admitted to the Universitary Hospital of Neiva (HUHMP). Materials and methods: An observational, descriptive, retrospective study of hospitalized adults with HIV/AIDS admitted due to OIs during 2007-2012; pregnant women were excluded. The data were processed using Epi info7. Results: A total of 286 patients met the selection criteria. The mean age was 38.6 years and 72.7% were men. 76.5% were diagnosed with HIV prior to entry, 45.6% were not receiving HAART.On admission 39% of patients had leukopenia, 15% renal failure, 70% CD4 + lymphocyte counts< 200 cells/mm ³ and 64% viremia > 100,000 copies/mm ³ . The most common discharge diagnoseswere cerebral toxoplasmosis (52%), mucocutaneous candidiasis (35%) and tuberculosis (31%). Hospital mortality was 13%. Conclusion: Despite improvement in the management of HIV/AIDS in the southwestern region of Colombia, most HIV patients are hospitalized at advanced HIV-stages due to OIs, and are not receiving HAART. The most common OI was cerebral toxoplasmosis.

Implementación de un manojo de medidas (bundle) de inserción para prevenir la infección del torrente sanguíneo asociada a dispositivo intravascular central en Cuidado Intensivo en Colombia / Implementation of an insertion bundle for preventing central line-associated bloodstream infections in an Intensive Care Unit in Colombia

Central line-associated bloodstream infections (CLABSI) related to insertion and device care in intensive care units are frequent and preventable events. Aim: To evaluate the reduction in the rate of CLABSI through implementation of an insertion bundle. Methods: A study was conducted in the Adult-ICU at the University Hospital of Neiva comparing a pre-interventional period with an interventional one, each lasting 6 months; the intervention consisting of implementing a bundle of measures for the insertion of central venous catheters (CVC). In the pre-intervention period (2010) the rate of CLABSI and the population's characteristics were evaluated. The bundle for the insertion of the CVC consisted in: hands hygiene, use of 2% clorhexidine, maximum sterile barriers and avoiding femoral access. Results: The rate of CLABSI decreased from 5.56 to 3.26 per 1000 catheter days. The length of ICU stay and catheter duration were associated with a higher risk of infection associated to these devices (p < 0.05). Compliance with the bundle is a protective factor against the development of CLABSI (OR 0.45, p = 0.615). The staff adherence to the bundle was over 80%. Conclusion: Implementing a Central Line Insertion Bundle proved to be a useful measure in prevention of CLABSI in our hospital. This strategy could be implemented in other hospitals of similar complexity.

Las infecciones asociadas a la instalación y manejo de catéteres venosos centrales (CVC) son eventos frecuentes en unidades de cuidados intensivos pero evitables. Objetivo: Evaluar la eficacia en disminuir la tasa de infección asociada a catéter (IACVC) obtenida con la implementación de un manojo de medidas (bundle) durante la inserción del dispositivo. Material y Métodos: Se condujo un estudio que compara un período pre-intervención con uno de intervención, de 6 meses cada uno, consistente en la implementación de un manojo de medidas para la inserción de catéter venoso central (CVC), en la Unidad de Cuidado Intensivo (UCI) del Hospital Universitario de Neiva, Colombia. En el período pre-intervención (2010) se evaluó la tasa de IACVC y las características de la población. Durante la intervención (2011) se implementó un manojo de medidas para la inserción de CVC que consistió en: higiene de manos, uso de clorhexidina 2%, empleo de máximas barreras estériles y evitar el acceso femoral. Resultados: Se obtuvo reducción de la tasa de IACVC de 5,56 a 3,26 X 1.000 días CVC. Los días de estancia en UCI y de exposición al CVC se asociaron a mayor riesgo de desarrollar IACVC (p < 0,05); el cumplimiento del manojo de medidas fue un factor protector contra IACVC (OR 0,45; p = 0,615). La adherencia del personal al manojo de medidas fue mayor de 80%. Conclusión: La implementación de un manojo de medidas para la inserción de CVC resultó ser una medida útil para la prevención de IACVC en nuestro hospital, lo que podría implementarse en otras instituciones hospitalarias de complejidad similar.

Infecciones fúngicas emergentes: fungemia por Sporobolomyces salmonicolor. Reporte de un caso / Emerging fungal infections: Sporobolomyces salmonicolor fungemia. Case Report

En los últimos años, la emergencia de infecciones por hongos se ha dado en parte por el aumento en las infecciones por microrganismos que normalmente no son patógenos. El siguiente reporte describe la fungemia y meningoencefalitis por Sporobolomyces salmonicolor, una levadura frecuente en el medio ambiente y las plantas, en un paciente sin factores de riesgo conocidos, con desenlace fatal a pesar del manejo con antifúngicos. Este caso nos recuerda que dentro de las infecciones micóticas emergentes se encuentra el S. salmonicolor y se debe tener en cuenta dentro del diagnóstico diferencial de levaduras en sangre, como causa infrecuente, potencialmente mortal.

The emergence of pathogens, mainly fungi, in recent years has been partly due to overappearance of organisms that normally are not pathogenic in humans. The following report describes Sporobolomyces salmonicolor fungaemia and proven meningoencephalitis in a patient not showing risk factors who suffers a fatal outcome despite management with antifungal agents. The said yeast lives mainly in tree environments and plants. This case reminds us that there is S. salmonicolor within the emerging fungal infections, and this fact should be taken into account in the differential diagnosis of yeasts in blood as a rare and lifethreatening cause.